Instance de coordination visant à renforcer la cohérence de l'action de l'Etat sous l'autorité des préfets. La mission interservices de l'eau (MISE) doit réunir les directeurs des principaux services déconcentrés et des établissements publics locaux (en particulier : DREAL, DDTM, DDCSPP, Gendarmerie, ONEMA, agence de l'eau, ONCFS, Préfecture, DIRM) pour débattre des priorités et des modalités de mise en œuvre de la politique de l'eau et de son articulation avec les politiques sectorielles, en veillant à la bonne association des outils régaliens, financiers et d'ingénierie publique. Le chef de la MISE est le DDT. La DREAL a un rôle de coordination des MISE au niveau régional.