Registre établi à l'échelle d'un bassin hydrographique identifiant les zones désignées comme nécessitant une protection spéciale dans le cadre de la législation communautaire en vigueur : zones vulnérables (directive « Nitrates »), zones sensibles (directive « Eaux résiduaires urbaines »), zones désignées au titre de la directive « Natura 2000 », etc. L'échéance pour établir le registre des zones protégées est décembre 2004. Ce registre doit ensuite être régulièrement mis à jour.